蒙巴萨港位于非洲东岸中部，是东非第一大、非洲第二大港口，也是肯尼亚对外贸易的战略性港口。由此向北直到红海几乎再无大港，向南直到南非也只有德班港才能与之媲美。该港有各类万吨级以上泊位21个，港口吃水9.45米以上，24小时通航。

2014年2月，肯尼亚在蒙巴萨建立该国首个自由贸易区，以加强和提升东部、中部和南部非洲地区间的区域内贸易。2016年，肯尼亚又和乌干达携手发布了“北部经济走廊总体规划”，以蒙巴萨港为东部起点，通过公路、铁路、水路和管道等基础设施，连接乌干达、布隆迪、南苏丹、刚果（金）等国，为东非经济发展创造条件。刚果（金）、南苏丹、乌干达、布隆迪、卢旺达等国由于缺少出海口，货物出口大部分都要依靠蒙巴萨港。另外，坦桑尼亚东北部、索马里等国家地区的物资也常借道蒙巴萨港进出。