1月13日，阳明海运发布了一则澄清说明，就有关媒体报道的“台湾货柜没赚头 出现跳港现象”做出澄清并表示，跳港主要因为全球各主要集装箱码头持续拥塞造成船期延误状况无法解决，加上船舶调度问题，进而导致全航段空班，并非个别市场运价高低之结果。

该公司表示，阳明海运目前所属航线（包含THE联盟之欧美航线）自2020年12月迄今发生之航线跳港安排（非仅限于台湾码头，亦包含欧美亚等其他港口），均属船期延误或操船航商船舶调度等问题产生，阳明海运所属THE联盟的运营，亦严格遵守世界各国反托拉斯法的规范，仅及于航线船舶及舱位运营合作，绝无市场运价的讨论，自无因个别市场运价高低而决定跳港的可能；报道“至于跳哪些港是经过投票，货少、运价较低的港优先被跳过”的内容，显然对于现行跳港状况及联盟运作方式有所误解。

阳明海运还强调，在目前船舶调度紧张情况下，已积极安排加班船因应（包含2020年12月执行台湾-菲律宾加班船），以缓解堆积货载，显示相关航线调度，仍以完成客户交付运送任务为首要。