自2014年7月至12月，交通运输部就中日航线“零运价”、“负运价”问题，对该航线运价备案规定的执行情况进行了全面检查，并依据《国家海运条例》，对查出未备案或实际运价与备案价不符，以及不配合检查、提供虚假信息等情况的21家公司违规经营行为进行了行政处罚。

交通运输部在6月15日发布的2015年第3号通告中，公开了这些违规经营企业的名单，其中既有中远、中海、中外运等央企的分支公司，也有地方海运企业，甚至包括了日本、新加坡以及我国香港、台湾的知名海运企业。业界认为，交通运输部避免了选择性执法，而是“一碗水端平”。

处罚名单上排名前三位的分别是上海泛亚航运有限公司、新海丰集装箱运输有限公司、上海浦海航运有限公司。其中，排列首位的上海泛亚航运有限公司是中远集运运输有限公司的全资公司，注册资本6.688亿元，专业化经营包括中日航线在内的中国近洋集装箱运输业务，拥有船舶24艘，租用船舶9艘，总运力为3.04万标准箱。在名单上排第二位的新海丰集装箱运输有限公司隶属于山东海丰国际航运集团，自营集装箱船舶30多艘，在我国与日本、韩国、东南亚之间开通40多条航线。

在名单上排第三位的上海浦海航运有限公司，由中海集装箱运输股份有限公司全资控股，专业化经营中日、中韩航线及国内沿海和长江区域公共支线，拥有经营船舶近50艘、航线40余条，船队总运力超过2万标准箱。

交通运输部称，这次对21家公司行政罚款累计达425万元，这些罚款已经全部缴齐并已上缴国库。但是交通运输部没有具体指出每家企业的认罚金额，也未解释处罚名单的排列顺序究竟是依据违法程度还是依据认罚金额而定。

中日航线的“零运价”、“负运价”问题已经老生常谈，至少存在了10年。据商报记者查询，2003年开始，中日航线就出现了“负运价”的报道，至2006年时愈演愈烈。交通部2006年发布《关于整顿和规范中日航线班轮市场秩序的公告》，处罚了4家低于正常合理水平运价、妨碍公平竞争的违规经营公司。

2006年9月21日，中央电视台“焦点访谈”节目播放了《海运惊现“负运价”》的片子，将中日航线赔本赚吆喝的奇怪现象公之于众。山东烟台国际海运公司上海分公司总经理张萍在片中称，当时每只20英尺标准集装箱的运价是－210美元，40英尺集装箱的运价是－420美元，该公司每周运输3800个集装箱，倒贴76万美元。张萍打个比方，一开始一天推一辆桑塔纳下海，后来是一天推一辆奥迪下海，现在一周倒贴76万美元，即一天倒贴10万美元，就等于一天推一辆宝马下海。

中日航线运距短，经营门槛低，各种规模的船公司都可以涉足，运力很容易超过运量，于是船公司争相揽活，过度竞争。一些日本公司承受不起，干脆把船租给中国公司，坐观中方窝里斗。中方船公司都是国企，当时由此被上升至国有资产流失的高度。

交通运输部在低调处罚４家公司后，还拿出了中日航线海运运价备案、透明化的招数，并于2009年8月1日开始实施，以阻止船公司暗中比价。2010年8月交通运输部在上海召开总结会，宣布中日航线运价备案工作取得明显成效，原有非理性竞争行为得到有效矫正，恶性竞争现象得到有效遏制。交通运输部指出，要通过中日航线的示范作用，以点带面，促进其他航线市场的规范、健康发展。

不料，这次处罚之后，有更多船公司加入中日航线经营，而且运价非理性竞争愈演愈烈，到了2014年5月，有多家船公司相互恐慌性杀价。当时，上海到日本的运价跌到了－500美元／标准箱，连云港、青岛到日本的运价跌到－650美元／标准箱，天津、大连、威海、烟台到日本的运价跌到－580美元／标准箱。

这种“负运价”现象持续了3个月，相关货代、船公司集体上书交通运输部旗下的上海航运交易所，要求出面规范。据粗略统计，我国各口岸累计每周出口量约为4万标准箱，每周亏损近亿元，各公司伤痕累累。

“运价备案包括了海运运价和海运相关附加费（含码头作业费），航运公司需要把运价报给交通运输部所指定的上海航运交易所。如果加上附加费的整体运价为负数，上海航运交易所的系统是无法录入的。”吴明华分析指出，此次受罚的企业，很可能是报备运价与实际执行运价不相符合。

《国际海运条例》第49条规定，未按规定履行运价备案手续或未执行备案运价的，将被责令限期改正，并处以2万元以上10万元以下的罚款。该条例第40条规定，国际班轮经营者如果对公平竞争造成损害，将被采取限制其航班数量、终止运价或者暂停受理运价备案等限制性、禁止性措施。

这次21家公司被罚425万元，户均20万元，明显突破了《国际海运条例》第49条的上限。“总体来说还是属于轻微的，是一种象征性的处罚，但不无警示意义。”吴明华指出，国际社会在实施反垄断调查时，对一些跨国公司动辄罚款几千万甚至上亿美元，力度很大。